Esta es la época en que a la muerte de los Reyes Católicos, los reinos de Castilla y Aragón tienen por primera vez un mismo rey. Se producen rebeliones populares, conocidas como Germanías, cuando en 1521 y 1522 la Part Forana de Mallorca (toda la isla excepto Palma) se amotinó contra las clases dominantes de la ciudad a consecuencia del sistema tributario impuesto por Carlos I. También es en esta época, en que los Tribunales de la Inquisición llevan a cabo sus primeras actuaciones, contra los judíos conversos de Mallorca.
Son unos tiempos marcados por las pestes y las hambrunas, provocadas por la escasa producción de trigo, que a menudo hacía necesaria su importación para alimentar a la población. Los ataques en las costas de los piratas del norte de África y guerras como la de sucesión, que se disputaron las dinastías de los Austrias y los Borbones, imponiéndose estos últimos en 1713 después de firmar la paz con el tratado Utrecht. En 1715 Felip V promulgó el Decreto de Nueva Planta, que supuso la desaparición de las instituciones de gobierno propias de Mallorca y la Corona de Aragón, y se prohibió el uso del catalán, la lengua propia de Mallorca. iniciándose así, un largo periodo de represión contra la lengua catalana, que con algunas interrupciones se mantuvo hasta la restauración de la democracia en 1978. Actualmente, el catalán sigue siendo la lengua mayoritaria entre los nativos de Mallorca.
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