Nach dem Tode der „Reyes Católicos“ (Fernando und Isabel, die „Katholischen Könige“) haben die Königreiche von Kastillien und Aragón zum ersten Mal einen einzigen König. Es kommt zu Volksaufständen, den so genannten „Germanies“, in den Jahren 1521 und 1522, als die gesamte Inselbevölkerung, mit Ausnahme der Bevölkerung der Stadt Palma, gegen das durch von Carlos I durchsetzten Steuersystems rebelliert. In diese Periode fallen ebenfalls die ersten Verhandlungen der Inquisition gegen die konvertierten Jude aus Mallorca.
Die Jahre waren von der Pest und den Hungersnöten gekennzeichnet. Getreide wurde knapp, und musste oft importiert werden. Ebenfalls häufig waren die Angriffe der Piraten von Nordafrika. Die Erbfolgekriege zwischen den Kronen von Habsburg und der Bourbonen brachten weiteres Leid über die Insel, und wurden nur im Jahr 1713 mit dem Frieden zu Utrecht beendet. 1715 unterschrieb Felipe V das „Decreto de Nueva Planta“. Es schaffte die alten Organe der Verwaltung ab und verbot die katalanische Sprache, obwohl diese auch heute noch die Sprache der Einwohner Mallorcas ist.
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